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ENS Cachan - Institut d'Alembert

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Interview du Dr. Paulo Mascarello Bisch, Head of the FisBio (Fisica Biologica) Laboratory, Rio de Janeiro, Brazil

Le laboratoire de biophysique FisBio se consacre au développement de nouvelles méthodes de calcul associées à des outils expérimentaux avancés, visant à améliorer la compréhension des processus biologiques au niveau moléculaire. Ces méthodes ont pour principale application l'étude des relations entre les microorganismes et leur environnement. D'autres thématiques biologiques sont également à l'étude, telles que l'expression des gènes procaryotes et la biologie du développement.

Depuis 2010, vous êtes coordinateur pour la partie brésilienne du programme franco-brésilien CAPES/COFECUB


Durant cette période, 3 post-docs et 3 thésards de notre laboratoire ont passé au moins un an au LBPA, et un thésard du LBPA a fait un séjour de 4 mois dans notre laboratoire à Rio de Janeiro. De plus, des chercheurs des deux laboratoires ont fait des visites régulières dans l'autre laboratoire. Ce solide programme de collaboration a produit d'importants résultats, qui peuvent se mesurer par deux importantes publications (Batista PR et al., J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2348 and Batista PR et al., Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 2850) sur le développement d'une nouvelle méthode d'analyse de mouvements collectifs en dynamique des protéines. D'autres publications de grande qualité sont en cours et seront soumises dès que possible. Nos étudiants travaillent actuellement dans le cadre de thèses supportées par les deux laboratoires (co-tutelle) ce qui enrichira certainement leurs contenus. L'une de ces thèses, prochainement soutenue, concerne une nouvelle méthode pour induire des excitations thermiques locales comme un moyen d'étudier le champ d'énergie d'une protéine. Cette nouvelle stratégie de simulation représente un réel progrès sur les méthodes déjà existantes, et sera très importante pour étudier la dynamique des protéines et en conséquence la possible inhibition de leur fonction biologique. Ceci devrait être capital pour améliorer la conception de nouveaux médicaments spécifiques à certaines cibles. De plus, une nouvelle étude des interactions protéine-protéine est aussi en cours impliquant, en parallèle, un autre laboratoire brésilien de Sao Paulo (UFABC). Jusqu'ici ces nombreuses collaborations ont été très fructueuses et profitent de l'environnement scientifique du LBPA à l'ENS Cachan, et devraient être étendues même pour des projets expérimentaux impliquant d'autres équipes et laboratoires de l'IDA.

Vous avez co-organisé, en partenariat avec le LBPA et l'IDA, le Workshop DEFIS qui s'est déroulé en Octobre à l'ENS Cachan. Quel bilan tirez-vous de cet évènement qui a placé l'interdisciplinarité au cœur des présentations ? Quel est de votre point de vue sur la plus-value à tirer d'une telle interdisciplinarité ?


Le Workshop, qui s'est déroulé sur 2 jours, a été très profitable aux participants. L'objectif de cette conférence était de faire se rencontrer des expérimentalistes et des théoriciens, afin qu'ils échangent leur expérience sur les grands assemblages biologiques de macromolécules. Vu que de nos jours les méthodes de simulation ont été remarquablement améliorées et que de nouvelles méthodes sont disponibles, comme la possibilité de simuler de très larges systèmes moléculaires durant un temps relativement important, il est dorénavant plus fiable de faire converger les expérimentations et les simulations informatiques pour avoir une vue complémentaire de ces grands systèmes. La discussion après chaque présentation a révélé une interaction intéressante entre les approches d'expériences et de simulations. A l'issue des interventions présentant les aspects de physique fondamentale et de physicochimie par ces deux approches, les discussions qui ont suivi portaient sur les débouchés en biologie. Ce format pluridisciplinaire semble être plus approprié aux problématiques actuelles où, pour un grand nombre de données biologiques disponibles, des modèles adaptés et une interprétation pertinente sont encore nécessaires pour une majorité de phénomènes biologiques.