1) Vous coordonnez les travaux du projet REVISITSHAPE auquel participe des équipes du PPSM et du LBPA : quels sont les objectifs, les champs d'application de ce projet à l'interface chimie/biologie ?
Pour étudier les fonctions biologiques encore très peu connues d'ARN non-codants, il est primordial de déterminer sa structure secondaire et tertiaire. La méthode SHAPE (Selective 2'-Hydroxylacylation Analyzed by Primer Extension), décrit pour la première fois par l'équipe de K. M. Weeks en 2005, fournit une mesure facile, rapide et quantitative de l'environnement de chaque nucléotide (apparié ou non apparié/conformation flexible) permettant de déterminer la structure secondaire d'un ARN. Cependant, les résultats obtenus ne sont pas toujours sans ambiguïté. Par ailleurs, les résultats d'acylation par la méthode SHAPE ne sont pas rationalisés et, à notre connaissance, aucune équipe ne s'est intéressée à comprendre le mécanisme SHAPE. Il est accepté dans la littérature que le mécanisme SHAPE est basé sur l'acylation exclusive en position 2' du ribose par des agents électrophiles, mécanisme postulé à partir des travaux antérieurs sur l'acylation des mononucléotides, en milieu fortement basique sans détermination de structure par la RMN. Etant donné qu'il existe plusieurs sites nucléophiles sur chaque nucléotide, notre objectif est d'identifier les produits d'acylation afin de mieux comprendre le mécanisme chimique pour interpréter correctement les résultats de SHAPE, et de concevoir des sondes chimiques plus sélectives.